本會依據犯罪被害人保護法第29條所成立，並受法務部指揮監督，以保護同法第一條、第三十條所定義，及法務部指定或本會董事會議決議通過之被害人及其遺（家）屬，協助重建其生活為目的。籌設時由法務部捐助新台幣肆仟萬元整作為創立基金，屬於政府捐助成立而其捐助財產達捐助財產總額百分之五十以上之公設財團法人。
本會業務經費來源包括法務部編列公務預算補助；私人或團體捐贈；犯罪行為人因宣告緩刑、緩起訴處分或協商判決者應支付一定之金額總額中提撥部分金額。
本會及所屬各分會現行組織及人力配置如下所述：
- 本會置董事會及常務董事會，置董事十一人至二十五人，其中常務董事五人，均為無給職，由法務部就分會之主任委員、有關機關團體主管人員、對犯罪被害人保護相關業務有研究之專家學者及社會公正或熱心公益人士中聘任之，任期三年，連聘得連任。另設常務監察人由法務部會計處會計長兼任；監察人兩人由法務部就有關機關、團體主管人員或社會熱心公益適當人士中聘任之。
- 本會置董事長一人，現由臺灣高等檢察署檢察長張斗輝擔任，綜理會務，對外代表本會；執行長及副執行長各一人；總督導一人，下分五組為人力資源組（辦理人力資源業務）、業務企劃組（辦理保護核心業務）、綜合推廣組（辦理推廣及研考業務）、行政組（辦理總務、資訊及檔案管理業務）、主計組（辦理主計業務）及分區督導（辦理北中南區業務督導）。各組分置組長及工作人員若干人，另因業務需要，聘請顧問若干人。
- 分會置委員會及常務委員會，置委員九人至二十三人，其中一人為主任委員，置常務委員三人至七人，均為無給職，由有關機關、團體主管人員或社會熱心公益適當人士中聘任之，任期三年，連聘得連任；兼任執行秘書、會計秘書及總務秘書各一人，現由各地方檢察署行政人員兼任；分會專職人員有主任一人，工作人員若干人，另依分會業務需求聘任保護志工。
另為擴大民眾對於犯罪被害人保護工作之參予，以彌補本會及所屬各分會專兼任人員的不足，本會持續依據志願服務法分別招募熱心社會公益人士擔任保護志工，積極投入犯罪被害人保護工作。本會及所屬各分會聘任第九屆（111年1月1日起）保護志工計有744人。
本會及所屬各分會現行組織架構圖如下：
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資料內容維護單位：本會人力資源組
更新日期：111年5月20日